Su nombre proviene del vocablo quechua ñuñu, que significa "mama", debido a dos colinas cercanas (Los Nonos) que se alzan sobre la ribera opuesta del río de Los Sauces.

 Pese al supuesto nombre quechua (se creía que el imperio quechua o Tawantinsuyu nunca había llegado a la Provincia de Córdoba ni a la de San Luis; la razón para que existan aparentes nombres "quechuas" en el centro -y otras zonas- de Argentina se debe a que durante la Conquista española el quechua fue usado -especialmente por los misioneros católicos- como lengua vehicular).

 Lo cierto, sea cual sea la etimología del topónimo es que esta localidad fue uno de los últimos asientos de la autóctona etnia Henîa-Kamîare que poseía su propio idioma absolutamente diferente del quechua. Nuevas investigaciones sin embargo han descubierto que la actual provincia de Córdoba sí fue territorio de frontera del Tawantinsuyu cuyo gobierno había destinado allí al menos un enclave de mitmaqkuna (colonos estatales), el cual estaba ubicado en las sierras de Paravachasca (Río Segundo). Allí, en 1536 había una colonia de campesinos ecuatorianos bajo la supervisión del Inka Uzkollo. Esto explicaría la abundancia de topónimos en lengua kechwa tales como Ñuñu, Qosqin y tantos otros, independientemente de que los españoles, luego del golpe de estado mediante el cual tomaron el poder del imperio, continuaran con las estructuras del estado, ente ellas la lengua. (Véase “Las preocupaciones de un indio del Perú en Córdoba, el testamento de Baltazar Uzcollo”, En Investigaciones y Ensayos 52, Buenos Aires 2002, pp. 199-152)